CFOP é o Código Fiscal de Operações e Prestações, será utilizado nas notas fiscais de prestação de serviço, e deverá ser escolhido dentre as opções disponíveis de acordo com o CNAE da empresa e de acordo com lista de CFOPs disponibilizada pela prefeitura de registro da empresa.
De acordo com o tipo de serviço prestado, o CFOP poderá variar, e o imposto incidente também. Estas variações estão descritas na lista de CFOPs da cidade sede da empresa. Muitas cidades brasileiras usam listas semelhantes, mas ainda não tem uma lei federal ou algum entendimento para que se use uma única lista nacional.
Em algumas prefeituras, serviços com CFOPs diferentes não podem estar na mesma nota fiscal, neste caso o fornecedor é obrigado a tirar duas ou mais notas. O preenchimento das notas ou formulário padrão da nota fiscal de serviço também varia de acordo com a prefeitura, algumas pedem o CFOP no corpo principal da nota e outras que o mesmo seja incluído a cada serviço.
Esta diferenciação entre prefeituras também pode acarretar outras variantes como a localidade de prestação de serviço. Caso o fornecedor preste o serviço em outra cidade, o ISS correspondente deve ser pago para a prefeitura da outra cidade, diferente de prestar o serviço em sua cidade para um cliente de outra, neste caso pagando o ISS para sua própria prefeitura.
Cidades como São Paulo, exigem um pré-cadastramento das empresas fornecedoras de serviço, caso isto não ocorra a empresa cliente tem a obrigação de reter o imposto, o que complica bastante para o fornecedor, que várias vezes acaba por ter de pagar o imposto em duplicidade, para a prefeitura local e para a prefeitura onde foi prestado o serviço, devido a burocracia necessária para que haja reconhecimento por parte das prefeituras de quem deve receber o imposto, fica tão complicado que dependendo do valor, as vezes é mais fácil pagar duas vezes.
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